El italiano cedió el liderato de la general del Tour de Francia en beneficio de Chris Froome en la etapa 14.
Aru había empezado el día con 6 segundos de ventaja sobre Froome y lo termina segundo de la general, a 18 segundos del británico.
"Está de más decir que hubiera preferido mantener el liderato, pero queda una semana muy dura, no está todo perdido", subrayó el jefe de filas del Astana tras la etapa ganada al esprint por el australiano Michael Matthews.
"Estaba demasiado lejos detrás, al inicio de la subida (del final). Hubo un corte y tuve que hacer un gran esfuerzo para seguir el ritmo y lo pagué cuando hubo un nuevo corte", resumió el italiano.
En la etapa del domingo, Aru espera poder hacer un mejor papel.
"Será una etapa selectiva, ahora sólo pienso en recuperarme", afirmó.
El director deportivo del Astana, Giuseppe Martinelli, no quiso dramatizar por la pérdida del maillot amarillo.
"No esperábamos perder el maillot hoy, pero lo perdimos. No vamos a hacer un drama por eso. Quizás es mejor porque la siguiente etapa será difícil de controlar. Necesitamos seguir tranquilos, mantener la calma, todavía quedan los Alpes", recordó.