El equipo estadounidense se impuso con un tiempo de 38 minutos y 46 segundos. El belga se vistió con el maillot amarillo.
El BMC, cuyo jefe de filas es el australiano Richie Porte, superó por 4 segundos al Sky del británico Chris Froome.
El Quick-Step del belga Philippe Gilbert y del colombiano Fernado Gaviria llegó en tercer lugar a siete segundos.
Además, las cinco primeras formaciones (Mitchelton 4º, Sunweb 5º) se clasificaron en apenas un margen de 12 segundos al término de esta etapa por equipos, modalidad que no se vivía en el Tour desde la edición de 2015. El propio BMC se impuso en aquella edición, también por delante del Sky.
Van Avermaet, ya presente en la formación estadounidense, conquistó después el oro olímpico en Río de la carrera en ruta. En 2016 también lució el maillot amarillo en el Tour.
De cara a la general, Froome apenas cedió 4 segundos respecto a Porte, y además logró sacar tiempo al resto de sus rivales.
El británico Adam Yates (a 5 segundos de Froome), el holandés Tom Dumoulin (a 8 segundos), y el colombiano Rigoberto Urán (31 segundos), minificaron los daños.
Peor parados salieron el colombiano Nairo Quintana y el español Mikel Landa, que cedieron 50 segundos, y el italiano Nibali y el francés Romain Bardet quedaron a 1 minuto 2 segundos y a 1 minuto 11 segundos respectivamente.
"Es fiel a lo que esperábamos", comentó Bardet, que se quedó además sin el apoyo de dos compañeros (Dillier y Gallopin) por sendas caídas.
"Podemos estar satisfechos", reaccionó por su parte Froome, quien no obstante tuvo que escuchar los abucheos del público nuevamente.
El martes, los esprínteres disponen de una nueva oportunidad en la cuarta etapa, de 195 kilómetros, entre La Baule (Loira-Atlántico) y Sarzeau (Morbihan). La meta está al final de una larga recta de cuatro kilómetros.
Colombianos en la clasificación general del Tour:
10. Rigoberto Urán 0:35
31. Egan Bernal 1:19
59. Nairo Quintana 2:08
68. Darwin Atapuma 2:29
77. Daniel Felipe Martínez 2:54
110. Fernando Gaviria 4.44