Deportivo Cali, Real Cartagena, Millonarios y Estudiantes, han sido los clubes por los que ha pasado este habilidoso lateral vallecaucano, que ahora prueba suerte en Newell´s bajo la batuta de Gerardo Martino, al que define como "un técnico bastante preparado, muy profesional y en la parte humana una persona increíble".
Con el conjunto ‘azucarero' logró coronarse campeón del Torneo Finalización en el 2005, y de la Copa Colombia del 2010. En su paso por Millonarios logró consolidarse en la titular y ser parte fundamental del primer semestre en 2011.
A su llegada al club argentino, Juan Guillermo Domínguez encontró su mejor nivel, el cual cree que se debe a su constante trabajo y la motivación que le brinda el cuerpo técnico, según explicó al Golcaracol.com.
Jugar con grandes del fútbol argentino como Boca Juniors, Vélez Sarsfield e Independiente lo motivan a seguir trabajando para hacer las cosas de la mejor manera, esforzarse al máximo para conseguir su meta de ser tenido en cuenta para la selección Colombia.