El sorteo vio a los equipos divididos en dos rutas: la "de los campeones (campeones de las Ligas que no están consideradas entre las principales del Viejo Continente); y la llamada "ruta liga" (equipos de grandes ligas que no fueron campeones y que se hicieron con la última plaza de acceso al torneo).
En la "ruta liga" entrará en la siguiente ronda el Málaga, como cuarto clasificado del campeonato español y que participará en las eliminatorias previas a la fase de grupos de la Liga de Campeones, que se jugarán el 21 o 22 de agosto la ida y el 28 o 29 la vuelta.
El resultado del sorteo de la tercera ronda de clasificación para la Liga de Campeones, es el siguiente:
Ruta Campeones:
Ganador del NK Maribor (ESL)/FK Zeljeznicar (BOS) - Ganador F91 Dudelange (LUX)/FC Salzburgo (AUS).
Ganador del BATE Borisov (BIE)/FK Vardar (MAC) - Ganador del KS Skënderbeu (ALB)/Debreceni VSC (HUN).
CFR 1907 Cluj (RUM) - Ganador del Slovan Liberec (RCH)/Shakhter Karagandy (KAZ).
RSC Anderlecht (BEL) - Ganador del Shamrock Rovers FC (IRL)/FK Ekranas (LIT).
Ganador del FK Buducnost Podgorica (MON)/WKS Slask Wroclaw (POL) - Ganador del The New Saints FC (WAL)/Helsingsborgs IF (SWE).
Ganador del Ulisses FC (ARM)/FC Sheriff (MOL) - Ganador del PFC Ludogorets Razgrad (BUL)/GNK Dinamo Zagreb (CRO).
Celtic FC (ESC) - Ganador del HJK Helsinki (FIN)/KR Reykjavík (ISL).
Ganador del Molde FK (NOR)/FK Ventspils (LVA) - Ganador del Flora Tallinn (EST)/FC Basilea 1893 (SUI).
Ganador del MSK Zilina (ESL)/Hapoel Kiryat Shmona FC (ISR) - Ganador del Neftçi PFK (AZE)/FC Zestafoni (GEO).
Ganador del AEL Limassol (CHI)/Linfield FC (NIR) - Ganador del Valletta FC (MAL)/FK Partizan (SER)
Ruta de la Liga:
Fenerbahce (TUR) - Vaslui (ROU).
Motherwell (SCO) - Panathinaikos (GRE).
Copenhague (DIN) - Club Brujas (BEL).
Dynamo Kiev (UKR) - Feyenoord (HOL).La ida de estos encuentros se disputará los días 31 de julio y 1 de agosto; mientras que la vuelta será el 7 y 8 de agosto.