"De superar exámenes médicos, el creativo Sebastián Hernández será nuevo jugador de Junior", publicó el equipo barranquillero en su cuenta de Twitter y Facebook.
Al antioqueño de 29 años llega procedente del Boluspor, Turquía. Debutó en el Deportes Quindío en el 2004, club en el que permaneció por un año. En la temporada (2005-2006) pasó por Millonarios. Para el 2007 viajaría a Ecuador al Emelec, y en el mismo año regresaría a Colombia al Deportivo Cali (2007-2008).
En el 2013-2014 haría parte del plantel del PFC Ludogorets Razgrad, Bulgaria. Luego, para el 2015 pasó al PFC Cherno More Varna en el mismo país.