Baptista jugó su último partido oficial el 1 de octubre de 2011 ante el Getafe en el estadio de La Rosaleda y a partir de entonces padeció varias lesiones, la última una rotura de tendón de Aquiles que sufrió en julio, de la que tuvo que ser operado.
El jugador, según informó el club español, podría estar disponible para el entrenador chileno Manuel Pellegrini dentro de quince o veinte días.