El paraguayo Gamarra abrió el marcador a los 32 minutos de un contundente cabezazo, mientras que el goleador Zúñiga, anotó el segundo a los 43 minutos.
En el segundo tiempo, Melgar salió a toda máquina para seguir aumentando la cuenta, pero el Pasto se organizó mejor en la cancha y atacó el arco de Leao Butrón sin conseguir anotar.
Piedrahíta dirigió una jugada en la que se escapó desde el mediocampo con el balón para dárselo a Lalinde pero el disparo del delantero salió desviado por encima del arco de Butrón.
Ambos equipos pasaron a los pelotazos y disparos al arco de larga distancia, pues Pasto prefería mantener el resultado que le permitía clasificar gracias a la victoria del partido de ida.
El uruguayo Bosco Frontán perdió la oportunidad de marcar el tercero a los 77 cuando fue bloqueado por la defensa rival para que Alvarez pueda controlar el balón.
Villota y Lalinde llegaron al arco de Melgar a los 82 minutos, pero el disparo del segundo salió desviado y se esfumó la posibilidad de descontar en Arequipa.
Un tiro de esquina de Melgar a los 91 minutos se fue por encima del arco ante la desesperación de los peruanos que buscaron llegar al tercer gol.
Ficha técnica:
2. Melgar: Leao Butrón; Piero Chirinos, Manuel Contreras, Federico García, Santiago Bezruk; Hilden Salas (m.63, Bosco Frontán), Oscar Gamarra (m.61, Ángel Ojeda), Carlos Zegarra, Edson Aubert; Bernardo Cuesta (m.72, Antonio Meza Cuadra) e Ysrael Zúñiga. Entrenador: Franco Navarro.
0. Pasto: Lucero Álvarez; Marlon Piedrahíta, Camilo Pérez, Nicolás Palacios, Luis Carlos Murillo, Fram Pacheco, René Rosero (m.46, Mosquera), John Montaño (m.46, Víctor Zapata), Juan Sebastián Villota, Mauricio Mina (m.68, Fausto Obeso) y Julián Lalinde. Entrenador: Flabio Torres.
Goles: 1-0, m.32: Oscar Gamarra. 2-0, m.43: Ysrael Zúñiga.
Arbitraje: el ecuatoriano Omar Andrés Ponce amonestó a Pacheco y a Frontán.
Incidencias: partido de vuelta de la primera fase de la Copa Sudamericana disputado en el estadio Atlético Universidad Nacional San Agustín, de Arequipa.