Agüero, de 25 años, había reaparecido apenas una semana antes de ese encuentro europeo tras cerca de un mes y medio de baja por una lesión muscular y tuvo que retirarse en el descanso tras sentir un pinchazo en la pierna.
Tras regresar a Manchester el jueves, el argentino se sometió a pruebas médicas cuyo resultado se conocerá durante este fin de semana, si bien Pellegrini confía en que el problema será más leve que su última lesión.
El "Kun", máximo goleador del equipo hasta ahora con 26 tantos, se perderá previsiblemente el duelo ante el Fulham de la próxima semana y el encuentro ante el Manchester United del 25 de marzo.
De acuerdo con las previsiones de Pellegrini, el delantero podría volver a estar listo para jugar el 29 de marzo, cuando el City visitará el Emirates Stadium en un duelo crucial para las aspiraciones del equipo en lo alto de la Premier.
Antes de la trigésima jornada que se disputa este fin de semana, los "citizens" son cuartos en la tabla, con nueve puntos de desventaja respecto al líder, el Chelsea, pero con tres partidos menos.