Jhon Duque fue uno de los jugadores que dejó huella en Millonarios durante los años recientes. El 'ingeniero' se ganó el corazón de la hinchada y se fue al San Luis, de México, con el cariño de los 'embajadores'. Sin embargo, tras su presentación como nuevo jugador de Atlético Nacional, esto cambió drásticamente.
Algunos sienten su llegada al máximo rival como algo polémico, aunque otros no le dan mayor importancia, pues su nivel actual está lejos del que mostró en el conjunto capitalino, debido a que tuvo poca continuidad en el equipo mexicano.