Así quedaron los grupos:
Grupo A (Zona de la Costa): Junior, Real Cartagena, Unión Magdalena, Barranquilla FC., Uniautónoma FC., y Valledupar FC.
Grupo C (Zona de Santander y Boyacá): Cúcuta Deportivo, Atlético Bucaramanga, Real Santander, Alianza Petrolera, Boyacá Chicó y Patriotas Boyacá.
Grupo D (Zona de Bogotá): Millonarios, Santa Fe, Equidad Seguros, Academia FC., Bogotá FC., y Expreso Rojo.
Grupo E (Zonas de Valle, Cauca y Nariño): América, Cali, Dépor FC., Cortuluá, Deportivo Pasto, Centauros.
Grupo F (Zonas del eje Cafetero, Neiva, Ibagué y Zipaquirá): Once Caldas, Deportes Quindío, Deportivo Pereira, Atlético Huila, Deportes Tolima y Fortaleza FC.
Sistema del campeonato:
El certamen se dividirá en cinco etapas: ‘Fase I', ‘Fase II', ‘Fase III', ‘Semifinales' y ‘Final'.
*Cada una de las etapas se jugarán con encuentros de ida y vuelta.
En la ‘Fase I', los 36 equipos participantes se repartirán en seis grupos de seis equipos cada uno, teniendo en cuenta su posición geográfica.
Tras jugar los partidos de ida y vuelta, avanzarán a la ‘Fase II' los dos equipos que más puntos hicieron en cada uno de los grupos, además de los cuatro mejores terceros de cada grupo, para completar un total de 16 clasificados.
La ‘Fase II' se realizará con enfrentamientos directos en ocho llaves:
Llave 1 Primero del grupo A Vs Mejor tercero dos (2)
Llave 2 Primero del grupo B Vs Mejor tercero tres (3)
Llave 3 Primero del grupo C Vs Mejor tercero cuatro (4)
Llave 4 Primero del grupo D Vs Mejor tercero uno (1)
Llave 5 Primero del grupo E Vs Segundo del grupo A
Llave 6 Primero del grupo F Vs Segundo del grupo B
Llave 7 Segundo del grupo C Vs Segundo del grupo D
Llave 8 Segundo del grupo E Vs Segundo del grupo F
Los ocho equipos que avancen a la ‘Fase III' formarán cuatro lleves de eliminación directa para conocer a los semifinalistas.
Las llaves quedarán conformadas así:
Ganador llave 2 Vs Ganador llave 6 S1
Ganador llave 1 Vs Ganador llave 5 S2
Ganador llave 3 Vs Ganador llave 7 S3
Ganador llave 4 Vs Ganador llave 8 S4
En la cuarta fase, la de ‘Semifinales', los cuatro equipos que avanzaron se repartirán en dos llaves de eliminación directa.
Conformación de las llaves:
S1 Vs S3 F2
S2 Vs S4 F1
La quinta y última fase, la ‘Final', la disputarán los dos equipos que hayan ganado sus respectivas llaves de semifinales.
El club que se imponga en la última fase se coronará campeón del torneo y recibirá un cupo a la Copa Sudamericana del 2013.