El luso, que ocupa la decimosexta plaza en la liga, aseguró que los colegiados tenían "miedo" de pitar penaltis a favor de su equipo.
La FA acusó a ‘mou' de "conducta impropia" y señaló que las palabras del portugués "implican el favoritismo de un árbitro hacia un equipo".
"Si la FA me quiere multar, que lo haga. A otros entrenadores no los castigan", dijo Mourinho, visiblemente molesto, a la cadena Sky Sports después del choque ante los 'saints'.
El conjunto del suroeste de la capital británica es decimosexto en la Premier League, a diez puntos del líder, el Manchester City, después de sumar cuatro derrotas en los primeros ocho partidos de campeonato.