Hierro ocupará el puesto en la estructura técnica del primer equipo que dejó vacante el francés Zinedine Zidane, que pasó a ser el entrenador del filial Real Madrid-Castilla, que la próxima campaña militará en la Segunda división B.
El nuevo segundo técnico madridista, que acompañará en la misma tarea al francés Paul Clement, ostentó la capitanía de un Real Madrid al que llegó en el verano de 1989, procedente del Real Valladolid.
En la primera plantilla del Real Madrid estuvo hasta la conclusión de la campaña 2002-03, tras haber disputado un total de 598 partidos y logrando, entre otros trofeos, cinco Ligas nacionales, tres Ligas de Campeones, una Copa del Rey, cuatro Supercopas Españolas, una Supercopa Europea y dos Copas Intercontinentales/Mundial de Clubes.
Tras irse del Real Madrid pasó al catarí Al-Rayyan (2003-04), concluyendo su carrera como jugador en el inglés Bolton Wanderers (2004-05).
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Fernando Hierro lució en 89 ocasiones la camiseta de la selección absoluta española, con la que debutó el 20 de septiembre de 1989, en partido amistoso contra Polonia. Es el cuarto máximo goleador del combinado nacional, del que también fue capitán.
Una vez se retiró del fútbol, realizó los cursos de dirigente deportivo y de entrenador, pasando en 2007 a ser director deportivo de la Real Federación Española de Fútbol (RFEF), donde estuvo hasta 2011 y en cuyo periodo la selección española conquistó la Eurocopa de Austria/Suiza 2008 y la Copa del Mundo de Sudáfrica 2010.
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Tras abandonar la RFEF, se convirtió en director general del Málaga, en Primera división, donde estuvo hasta mayo de 2012.