La FIFA anunció el 4 de noviembre la retirada de la gestión de Thapa, tanto administrativa como deportiva nacional e internacionalmente, durante 120 días después de que una comisión parlamentaria de Nepal pidiera al gobierno la suspensión de cuatro oficiales de la Federación de Fútbol, incluido él por diversas irregularidades y posible apropiación indebida.
El periodo de inactividad inicial concluyó el pasado 3 de marzo y Ganesh Thapa fue autorizado a retomar su actividad entre el 4 y el 19 de marzo, aunque ahora la prorrogará durante 90 días más, mientras el Comité de Ética de la FIFA concluye la investigación sobre posibles casos de corrupción de oficiales de la ANFA.