El 19 de Agosto del 2004 fue su primer paso por la Copa Sudamericana en la tercera edición del torneo, perdiendo frente a Millonarios 1-0. Sin embargo, el conjunto barranquillero cambió la historia a su favor en la vuelta y venció a los ‘embajadores' por 2-0 con anotaciones de Heyder Palacios y José ‘El Ringo' Amaya.
En octavos de final el ‘tiburón' se enfrentó con el equipo peruano Alianza Atlético y ganó 0-2 con anotaciones de Juan Carlos Quintero y Leiner Rolong en condición de visitante. Después, el 19 de octubre, Junior recibió a los ‘incas' y se impuso con una goleada de 4-1; en aquella noche Leonardo Rojano, Hayder Palacio, Omar Pérez y Emerson Panigutti anotaron los goles del triunfo.
Finalmente, Junior fue eliminado por el Internacional al perder 1-0 en territorio brasileño en el juego de ida y empatar 1-1 en Barranquilla.
Esta será la segunda participación de Junior en la Copa Sudamericana, en la que partirá como favorito ante su rival de turno, el Melgar de Arequipa. El vencedor de esta llave se enfrentará frente al ganador entre Deportes Tolima y Carabobo de Venezuela.
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