Pese a la victoria, la mala suerte pareció perseguir a los de Jurgen Klopp, que estrellaron dos veces el balón en el larguero y otra en un poste de la portería local.
El primer gol llegó apenas un minuto más tarde de que el 1860 Múnich se quedase con un jugador menos, tras la expulsión con tarjeta roja directa del centrocampista Dominik Sthal, a falta de un minuto para la conclusión del primer tiempo de la prórroga.
Un tiempo que no desaprovechó el delantero gabonés del Borussia Dortmund Pierre-Emerick Aubameyang, que había saltado al terreno de juego apenas seis minutos antes, para firmar el 0-1, que supone el sexto gol del africano en la presente temporada.
El equipo de Klopp cerró el marcador a los dos minutos de la segunda parte del prórroga por medio de otro de sus nuevos fichajes, el centrocampista armenio Henrikh Mkhitaryan, que estableció a los 107 minutos el definitivo 0-2.
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Menos problemas tuvo para lograr la clasificación el Bayer Leverkussen, tercer clasificado del campeonato alemán, que se impuso por 0-2 al Arminia Bielefeld con goles del surcoreano Heung-Min Son, que culminó a los 62 minutos una magnifica combinación entre Lars Bender y Robbie Kruse, y Sidney Sam, que cerró el marcador a los 89 minutos.
También estará en la siguiente ronda de la Copa alemana el Hamburgo, que pareció olvidarse de los graves problemas que vive en la Liga, en la que ocupa la antepenúltima posición, al imponerse por 1-0 al Greuther Fürth con un tanto de Pierre-Michel Lasogga a los 64 minutos de juego.
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Resultados de dieciseisavos de final:
Münster 0 - AUGSBURGO 3
Wiedenbrück 2000 1 - SANDHAUSEN 3
TSV 1860 Múnich 0 - BORUSSIA DORTMUND 2 (prórroga)
WOLFSBURGO 2 - Aalen 0
Arminia Bielefeld 0 - BAYER LEVERKUSEN 2
HAMBURGO 1 - Greuther Furth 0
HOFFENHEIM 3 - Energie Cottbus 0 (prórroga)
Maguncia 0 - COLONIA 1