Durante la indagatoria, Napolitano expresó estar "arrepentido" y pidió "perdón por lo sucedido", según informó la agencia oficial de noticias Télam.
El barra brava había tirado gas pimienta a los jugadores de River Plate en el partido de los octavos de final de la Copa Libertadores, disputado el 14 de mayo en Buenos Aires.
El encuentro se suspendió y River Plate, que había ganado en el partido de ida por 1-0 e igualaba 0-0 al momento de la agresión, avanzó a los cuartos de final.
Napolitano se presentó ante la Justicia acompañado por su abogado y declaró durante cerca de dos horas y media.
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Boca Juniors había expulsado el pasado 29 de junio a Napolitano y a los otros barras bravas acusados de planear y llevar adelante el ataque contra los jugadores rivales.
"La asamblea de representantes expulsó a siete socios y suspendió a otros dos por 360 días por los incidentes frente a River Plate", había comunicado el club en aquella oportunidad.
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Napolitano está acusado de "lesiones leves", por lo que podría afrontar de un mes a un año de prisión.