Los últimos equipos en clasificarse a los cuartos de final fueron Liga de Quito, Vélez Sarsfield, Cerro Porteño y Fluminense.
Partidos de vuelta de los octavos de final:
30.09.2009 Cienciano, 0 - San Lorenzo, 2
30.09.2009 Vitória, 1 - River Plate (URU), 1
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30.09.2009 U. de Chile, 1 - Internacional, 0
30.09.2009 Emelec, 2 - Botafogo, 1
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01.10.2009 Lanús, 1 - Liga de Quito, 1
01.10.2009 Goiás, 3 - Cerro Porteño, 1
01.10.2009 Unión Española (CHI), 2 - Vélez Sarsfield, 2
01.10.2009 Fluminense, 4 - Alianza Atlético (PER), 1.
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Emparejamientos de cuartos de final (21 y 22 de octubre)
Cerro Porteño (PAR) - Botafogo (BRA)
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Universidad de Chile (CHI) - Fluminense (BRA)
Vélez Sarsfield (ARG) - Liga de Quito (ECU)
River Plate (URU) - San Lorenzo (ARG).