Por unanimidad, los clubes de la categoría A decidieron continuar con dos campeonatos al año, los cuales contarán con eliminación directa, mediante cuartos de final, semifinal y final. Asimismo, los clubes de la categoría B decidieron mantener el mismo formato que fue utilizado durante el 2015 en el Torneo Águila, el cual consiste en un campeonato con un año de duración, y dos cuadrangulares al final, donde se definirán los dos clubes ascendidos.
Por su parte, la Copa Águila tendrá una pequeña modificación. El cuarto equipo sembrado en la fase II, además de los equipos que participan en la Copa Libertadores, será Junior, actual campeón del certamen. En caso que el club de Barranquilla también obtenga ese derecho por clasificar a la Copa Libertadores, le cederá ese cupo al mejor de la reclasificación.