El incidente, que no fue visto por el árbitro de la contienda, el inglés Martin Atkinson, sí fue recogido por las cámaras de televisión.
En la última jugada del encuentro, en el que el Manchester United se impuso por 1-2 gracias a un doblete del español Juan Mata, Skrtel pisó a De Gea, en una acción que no fue castigada por el colegiado.
El internacional eslovaco, de 30 años, tiene hasta el 24 de marzo para apelar la acusación de la Federación inglesa.
De ser sancionado, Skrtel podría perderse los tres próximos encuentros del Liverpool: dos de liga, ante Arsenal y Newcastle; y el partido de desempate de la Copa de Inglaterra (FA Cup) con el Blackburn Rovers.
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En la Premier League, si el árbitro no ha visto un incidente durante un encuentro, la FA recurre a un comité formado por tres antiguos colegiados para revisar las imágenes. Si los tres consideran que se deben tomar acciones, la FA pasa entonces a sancionar al futbolista.
En el caso del pisotón de Skrtel a De Gea, el comité coincidió en que se debería sancionar al defensa eslovaco, que ahora puede apelar la acusación para intentar ver reducida la posible sanción.
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El pasado 30 de enero, la Federación inglesa sancionó con tres partidos al delantero hispanobrasileño Diego Costa por pisar al alemán Emre Can durante el encuentro de vuelta de las semifinales de la Copa de la Liga (Capital One Cup) entre el Chelsea y el Liverpool.