Núñez tendrá su "segunda parte" con el Once, equipo con el que jugó en 2011 y el primer semestre de 2012, antes de salir para Olimpia. El jugador también ha militado en Sport Colombia, Sportivo Luqueño, Guaraní, Nacional y Cerro Porteño de su país. Así mismo, jugó en Vélez Sarsfield.
La información sobre esta nueva contratación la dio a conocer el presidente del club, Oscar David Gómez, en su cuenta de Twitter personal (@oscardavidgpa).
Las contrataciones blancas para el 2013 son Sebastián Puerta, Cesar Arias, José Fernando Cuadrado, Edwards Jiménez, Omar Rodríguez, Gilberto García, Camilo Ceballos, Carlos Giraldo y Sergio Herrera.