Los bolivianos igualaron el marcador con anotaciones de Ramiro Ballivián en el minuto 71 y del argentino Lucas Ojeda en el 94.
Ambos equipos se volverán a encontrar el próximo martes 23 en el partido de vuelta en Trujillo.
En el primer tiempo, el Universitario tuvo un mayor dominio del balón y generó más jugadas peligrosas sobre el arco de Salomón Libman, si bien la defensa peruana se mostró firme.
La primera jugada clara para los de Sucre llegó en el minuto 14, con un potente remate del español Rubén de la Cuesta que apenas desvió Libman.
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El mayor susto para los bolivianos en la primera mitad del encuentro ocurrió en el minuto 31, cuando el arquero Mauricio Robledo despejó con dificultad un cabezazo de Pando.
El segundo tiempo comenzó con un cierto equilibrio entre ambos equipos, pero pronto el César Vallejo ganó terreno y metió presión al Universitario.
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La apertura del marcador llegó en el minuto 50, cuando Pando logró burlar a dos defensas y batió la valla de Robledo.
Seis minutos después, el equipo peruano volvió a aprovechar un error defensivo local y consiguió el segundo gol gracias a Chávez.
Las dos dianas en contra hicieron reaccionar al Universitario, cuyos intentos dieron frutos el minuto 71, mediante un disparo de Ballivián.
Nerviosos, los locales mostraron a continuación un fútbol impreciso y apurado en busca de la igualdad y no fue hasta el minuto 94, cuando la suerte parecía echada, que pudieron empatar.
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De la Cuesta convirtió un tiro de esquina que Ojeda aprovechó para anotar de cabeza y salvar a su equipo de una derrota en casa.
Ficha técnica:
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2. Universitario: Marcelo Robledo; Alan Loras, Jorge Cuéllar, Ramiro Ballivián, Carlos Camacho; Rubén de la Cuesta, Federico Silvestre, Alejandro Bejarano, Mauricio Saucedo (m.59, Claudio Mosca); Lucas Ojeda y Martin Palavicini. Entrenador: Javier Vega.
2. César Vallejo: Salomón Libman; Pedro Requena, Emiliano Ciucci, Luis Felipe Cardoza, Jesús Rabanal; Donald Millán, Juan Morales, John Hinostroza (m.80, Atilio Muente), Ronald Quinteros (m.62, William Chiroque); Daniel Chávez (m.74, Jesús Serrano) y Andy Pando. Entrenador: Franco Navarro.
Goles: 0-1, m.50: Andy Pando. 0-2, m.56: Daniel Chávez. 1-2, m.71: Ramiro Ballivián. 2-2, m.94: Lucas Ojeda.
Árbitro: el brasileño Pericles Cortez amonestó a Morales, De la Cuesta, Quinteros, Libman, Silvestre y Millán.
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Incidencias: Partido de ida de la segunda fase de la Copa Sudamericana disputado ante unos 15.000 aficionados en el estadio Patria de Sucre, situado a 2.790 metros de altitud.