Según el diario El Espectador, Luis Bedoya, presidente de la Federación, se mostró sorprendido por la noticia y lamentó una nueva y desafortunada coincidencia entre el fútbol y la mafia. El dirigente deportivo explicó que con Manuel Bernal tuvo muy poco trato, que éste, como revisor fiscal, "nunca fue funcionario de la entidad" sino que "hacía visitas periódicas para constatar la contabilidad, y que por obvias razonas asistía a los Comités Ejecutivos y Asambleas".
Bedoya ha asegurado también que la federación puede dar todas las pruebas necesarias de transparencia y asimismo apoyará las medidas que el gobierno califique como necesarias para que no se vuelvan a presentar nexos entre fútbol y narcotráfico.
El caso de la Fedefútbol y Manuel Bernal surge en un momento en el que el balompié nacional ha estado opacado de nuevo, por los presuntos vínculos entre el Independiente Santa Fe y Daniel ‘el Loco' Barrera, y la pérdida de varios patrocinadores del club cardenal ante esta situación.
Manuel Bernal se encargaba además del manejo contable de los bienes de Mancuso y de velar por el proceso de reparación de víctimas a través del programa de Justicia y Paz. Fue asesinado el pasado 7 de julio por sicarios en las cercanías a la Fiscalía General de la Nación, en Bogotá.