La penalización se explica por el hecho de que el club suizo alineó en 12 partidos a al menos uno de los seis jugadores contratados este verano y centro de la polémica.
La FIFA había amenazado de suspensión a la Federación Suiza si ésta no castigaba al FC Sion por romper la normativa de contratación.
Según explicó la Federación, la deducción de puntos sanciona el abuso de derecho, así como "un comportamiento ilegal, antiestatutario y antirreglamentario" del FC Sion, así como el incumplimiento de la prohibición de transferencia pronunciado por la FIFA.
No obstante, el club puede continuar participando de la liga suiza.
La decisión es definitiva pero puede ser apelada ante el Tribunal de Arbitraje del Deporte (TAS).
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La FIFA había advertido a la federación helvética que, si no castigaba al FC Sion por violar las normas de los traspasos, sería suspendida el próximo 13 de enero, castigo que afectaría también a los clubes.
El Basilea se encuentra en los octavos de final de la Liga de Campeones y la selección nacional suiza tiene programado un partido amistoso el próximo febrero contra Argentina.
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El pasado verano, la UEFA prohibió hacer fichajes al club suizo tras la contratación del portero egipcio Essan El Hadary. Sin embargo, la entidad formalizó seis incorporaciones.
El Sion alineó a cinco de esos seis jugadores durante un partido de la Liga Europa ante el Celtic Glasgow escocés y, como consecuencia, fue expulsado de la competición por decisión de la UEFA, cuya resolución fue respaldada por el TAS.
Tras la expulsión, el Sion presentó varias demandas ante la justicia ordinaria suiza, lo que chocó frontalmente con el Comité Ejecutivo de la FIFA.