La ceremonia tuvo lugar en un enorme terreno de arena en el que se levantará el estadio de Port-Gentil, segunda ciudad de Gabón y capital petrolífera del país.
Messi, de visita a Gabón por primera vez, firmó autógrafos antes de colocar la simbólica primera piedra junto con Ali Bongo Ondimba.
"Cuando estuve en Barcelona hace algunos años me encontré con Messi y me dijo que vendría a visitarme a Libreville", declaró el presidente.
"Fue una promesa que me hizo. Es un hombre de honor que ha cumplido su palabra. El calendario hizo bien las cosas y ha correspondido con la colocación de la primera piedra", añadió.
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Tras la colocación de la piedra los líderes tradicionales de la zona celebraron un ritual de bendición.
Con una capacidad para 20.000 espectadores, el nuevo estadio debería estar finalizado en noviembre de 2016, señaló el gobierno del país.
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Gabón también ha previsto la construcción de una nueva terminal en el aeropuerto internacional de Port-Gentil, con la perspectiva de facilitar las comunicaciones en la Copa de África 2017.
En 2012 Gabón organizó el torneo junto con Guinea Ecuatorial, que repitió como anfitrión, en solitario, en 2015.