Los goles del capitán Petros Mantalos (38) y del delantero argelino Rafik Djebbour (51) colocaron por delante al AEK, mientras que el autor del tanto del Olympiakos fue el argentino Alejandro 'Chori' Domínguez (84).
Es el 15º título copero del AEK.
El partido se jugó sin público después de que el gobierno del país decidiese a principios de este mes aplazar la final después de los graves disturbios que hubo en las semifinales celebradas en marzo.
"La final de hoy no es lo que esperas. El estadio debería haber estado lleno de vida", lamentó el presidente de la Federación Giorgos Gkirtzikis.
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