32 equipos disputarán la primera fase en ocho grupos de cuatro clubes con cercanía geográfica cada uno (con excepción del Grupo 4).
Grupo 1: Junior, Uniautónoma, Barranquilla FC y Real Cartagena.
Grupo 2: Medellín, Envigado, Leones y Jaguares de Córdoba
Grupo 3: Real Santander, Cúcuta, Bucaramanga y Alianza Petrolera
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Grupo 4: Unión Magdalena, Valledupar, Pasto y Popayán
Grupo 5: América, Cali, Depor, Cortuluá
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Grupo 6: Patriotas, Chicó, Llaneros, Fortaleza
Grupo 7: Millonarios, Equidad, Expreso Rojo, Bogotá
Grupo 8: Quindío, Pereira, Tolima y Huila
Los ocho ganadores de grupo avanzarán a octavos de final junto a los cuatro mejores segundos. En esa segunda ronda estarán sembrados los cuatro mejores equipos del 2014 en la reclasificación y con actuación internacional: Atlético Nacional, Santa Fe, Once Caldas y Águilas Doradas.
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A partir de octavos de final la Copa Águila será de eliminación directa a ida y vuelta.