Pizarro cabeceó sin marca para conseguir su séptimo gol de la temporada a los 68 minutos luego de un tiro de esquina a favor del Werder cobrado por Andreas Wolf.
Axel Bellinghausen había puesto en ventaja al Augsburg a los 49 minutos, cuando Sascha Moelders le quitó el balón a Wolf antes de darle un taconazo para que su compañero de equipo venciera a Tim Wiese con disparo lento.
Pizarro reclamó un penalti luego de que el peruano cayó al césped con la marca de Sebastian Langkamp, pero el árbitro dejó correr la jugada.
"Tuvimos muchas oportunidades pero no las aprovechamos", dijo el director general de Bremen Klaus Allofs. "No debimos necesitar de un penalti".
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Bremen llega al tercer puesto, cinco puntos detrás del líder Bayern Munich, mientras que el Augsburg fuera de los lugares de postemporada antes de los partidos del fin de semana.
El Augsburg tiene que agradecerle al portero Simon Jentzsch por mantener el empate a pesar de haber jugado con un dedo roto.
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"En verdad quería jugar", dijo el entrenador del Augsburg Jos Luhukay. "Estamos muy felices de tener a Simon Jentzsch".