Nagai abrió la cuenta a los 14 minutos con un centro de Hiroshi Kiyotake, Yoshida hizo el segundo a los 78 al cabecear un tiro libre y Otsu marcó el tercero, también de cabeza, a los 83.
La mejor oportunidad de Egipto fue a los 77, cuando el arquero nipón Shuichi Gonda le atajó un remate a Mohamed El Neny.
Egipto jugó todo el segundo tiempo con un hombre menos por la expulsión de Saadeldin Saad a los 41 minutos por una falta sobre Manabu Saito.
Japón ganó sorpresivamente su grupo de los Juegos Olímpicos, en el que fue eliminada la favorita España. Ahora enfrentarán a México en la fase semifinal del torneo.
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