Rodríguez abrió la cuenta a los dos minutos al aprovechar un error del arquero Fabián Carini, y selló la victoria con un fuerte remate en tiempo de descuento para dejar a la "U" en el segundo puesto del Grupo 8 con siete puntos.
Carlos Valdez había conseguido la igualdad a los 51 minutos para el visitante, que quedó en el último lugar del Grupo 8 con un punto y sin posibilidades cuando quedan dos fechas por jugarse.
Peñarol, que llegó al Estadio Nacional necesitando un triunfo, padeció la inseguridad de Carini y de la falta de peso ofensivo, sobre todo tras la lesión de su hombre de área Marcelo Zalayeta.
No bien empezó el partido, el puntero Junior Fernandes desbordó por la derecha y envió un centro rasante que el arquero uruguayo no retuvo, permitiendo que Rodríguez empujara la pelota a la red.
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Diez minutos después, la "U" pudo haber aumentado el marcador cuando su lateral Eugenio Mena se dejó caer en el área ante un leve roce con Joao Pedro; pero el capitán José Rojas envió el tiro penal a la tribuna.
Sobre el final del primer tiempo, Peñarol tuvo su única situación de riesgo mediante un tiro libre que Luis Aguiar estrelló contra el travesaño.
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Pero comenzado el segundo tiempo, Johnny Herrera confirmó que sufre los centros en el área universitaria.
El arquero chileno salió en falso en un tiro de esquina y al retroceder dejó escapar un débil cabezazo del central Valdez, que apenas traspasó la línea de gol.
Todo parecía indicar un empate, pero en el segundo minuto de descuento Mena recibió la pelota en el área y descolocó a Carini con una finta antes de ceder a Rodríguez. El lateral-volante argentino paró la pelota y fusiló al portero y a la defensa uruguaya parada en la línea de gol.
Al final del partido, dolidos por la eliminación, los jugadores uruguayos generaron incidentes con sus pares chilenos.
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El Grupo 8 es liderado por Atlético Nacional con ocho puntos.
Alineaciones:
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U. de Chile: Johnny Herrera; Osvaldo González, Albert Acevedo, José Rojas; Matías Rodríguez, Marcelo Díaz, Charles Aránguiz (Raúl Ruidíaz, 71), Eugenio Mena; Junior Fernandes, Felipe Gallegos (Emilio Hernández, 54), Gustavo Lorenzetti.
Peñarol: Fabián Carini; Emiliano Albín, Alejandro González, Carlos Valdez, Darío Rodríguez; Joao Pedro (Fabián Estoyanoff, 60), Nicolás Freitas, Luis Aguilar, Sebastián Crist?foro; Rodrigo Mora, Marcelo Zalayeta (Maximiliano Pérez, 22).