El goleador no era tenido en cuenta en el club ibérico, con el que anotó un gol en la temporada y sólo jugó 16 encuentros, por lo que decidió volver a territorio argentino.
Pérez, escuchó ofertas de tres equipos, Independiente, Gimansia y Esgrima de la Plata, y River Plate, pero con el descenso a la segunda división del el ‘lobo' y los ‘millonarios', se decidió por el rey de copas argentino.
En su primer paso por tierras gauchas, Marco jugó en Gimnasia de la Plata, con el que anotó 12 goles en 21 encuentros y contribuyó para que el equipo no perdiera la categoría en la temporada 2009/2010.