La Cancillería colombiana detalló que el secuestro ocurrido en la noche del martes se produjo en la aldea de Karangasso, cerca de Koutiala, que a su vez se halla a unos 400 kilómetros al este de Bamako, la capital del país.
Los cuatro hombres "gritaron que eran yihadistas" cuando se llevaron a la monja, según una fuente de seguridad local.
La religiosa, de 56 años, fue obligada a subir en un vehículo de la parroquia para la que trabajaba, explicó un concejal de Karangasso.
"Hay cuatro [religiosas franciscanas] en Karangasso", explicó. "Sólo la secuestraron a ella", añadió una fuente de la iglesia del pueblo.
"Hemos detenido a dos sospechosos" malienses, indicó otra fuente de seguridad en Koutiala.
La misionera pertenece a la congregación de las Hermanas Franciscanas de María Inmaculada y fue secuestrada "alrededor de las 21h00", GMT y locales, indicó por su parte la agencia de prensa de las misiones católicas Fides.
"Los obispos también se están moviendo para obtener información en la zona" dijo Edmond Dembélé, secretario general de la Conferencia Episcopal de Malí, citado por la agencia.
Tras el plagio "los secuestrados se habrían dirigido hacia Burkina Faso", dijo una fuente de la seguridad de ese país.
Por el momento el secuestro no ha sido reivindicado.
El 24 de diciembre de 2016 la francesa Sophie Pétronin, que dirige una asociación de ayuda a la infancia, fue secuestrada por hombres armados en Gao (norte).
El sur de Malí, donde fue secuestrada la religiosa colombiana, ha sido escenario de ataques yihadistas en las fronteras con Costa de Marfil y Burkina Faso.
Los ataques yihadistas se concentraron durante mucho tiempo en el norte del país, que cayó a principios de 2012 en manos de grupos yihadistas vinculados a Al Qaida, aprovechando la retirada del ejército frente a los rebeldes tuaregs, que inicialmente se habían aliado a estos grupos antes de ser expulsados.
A partir de enero de 2013 la intervención militar internacional liderada por Francia, que todavía sigue, echó a gran parte de los yihadistas pero todavía hay muchas zonas bajo su control.