El otro gol de Sao Paulo fue anotado por su delantero Alexandre Pato, mientras que el volante Leandro Sosa marcó el tanto del equipo uruguayo.
El resultado otorgó al equipo brasileño tres puntos de oro en su lucha por clasificar a la segunda fase, una posibilidad que está disputando palmo a palmo con San Lorenzo de Argentina.
Con su victoria, Sao Paulo alcanzó los nueve puntos, mientras que San Lorenzo tiene seis.
Corinthians lidera el grupo con 12 puntos.
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Danubio, por su parte, acumuló su quinta derrota consecutiva en esta edición de la Libertadores y perdió sus últimas y remotas posibilidades de avanzar a la segunda fase.
La quinta fecha en el grupo se completa el jueves con la visita de San Lorenzo a Corinthians.
En Montevideo, todos los goles del partido fueron anotados en la segunda etapa.
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Danubio abrió el marcador cuando corrían 48 minutos, con un verdadero golazo convertido desde fuera del área, producto de un fortísimo remate de Sosa que no pudo ser contenido por el legendario portero Rogerio Ceni.
Tras la apertura del tanteador, el equipo brasileño se lanzó al ataque con un ímpetu que no había mostrado hasta ese momento. Cuando iban 60 minutos, Pato aprovechó un centro enviado al segundo palo de la defensa de Danubio y empató con un cabezazo.
El partido se decidió a los 90, cuando el jugador más destacado de la noche, Michel Bastos, envió un centro al área de Danubio, y el argentino Centurión, que había ingresado al campo en el segundo tiempo, marcó el gol de la victoria de Sao Paulo con otro certero golpe de cabeza.
El partido se disputó en el estadio Luis Franzini de Montevideo, campo de juego del club Defensor Sporting.