Tigres había ganado el partido de ida 0-1 y con un marcador global de 4-1 consiguieron el título.
Oribe Peralta empató el domingo la serie para Santos a los 30 minutos, pero Mancilla empató a los 52 a centro de Jorge Torres Nilo y el brasileño Danilinho marcó el tanto de la victoria a los 63 para los universitarios, que ahora tienen tres títulos de primera división.
"Hace cuatro años que llegué al equipo, la situación no era la mejor, se peleaba el descenso", dijo el volante argentino Lucas Lobos. "Y ahora, luego de luchar y trabajar, por suerte se dio el título así que es una alegría impresionante".
Alan Pulido agregó un tanto a los 87 minutos para los Tigres, que no conseguían un cetro desde la temporada 1981-82, cuando vencieron al Atlante. Su otro campeonato lo ganaron en la temporada 1977-78 al superar a los Pumas.
Santos, que buscaba el cuarto título de su historia, perdió su tercera final en los últimos cuatro torneos. Los Guerreros perdieron los dos torneos cortos del 2010.
Al igual que en el primer partido, Santos tuvo que jugar en inferioridad numérica desde el primer tiempo porque su portero Oswaldo Sánchez fue expulsado a los 17 minutos luego de cometerle un penal a Danilinho.
El arquero suplente Miguel Becerra desvió el penal a Lobos en una gran atajada.
Los Guerreros terminaron el partido con nueve hombres por la expulsión del zaguero panameño Felipe Baloy a los 68 y Tigres acabó con 10 por la expulsión del zaguero Israel Jiménez.
Santos se puso al frente cuando José María Cárdenas le dio un gran pase retrasado a Peralta, quien de frente a la portería no falló para igualar el marcador global.
Fue el primer tanto permitido por Tigres en toda la liguilla. Contando el último juego de temporada regular, los felinos pasaron 615 minutos sin recibir goles, un récord de la institución.
"Fue un momento duro, luego de fallar el penal me sentía mal y luego cuando cae el gol de ellos también", dijo Lobos. "Pero sabía que no nos podíamos caer, teníamos que demostrar y se hizo un juego completo y se pudo dar la alegría".
Después del empate, los Tigres fueron más agresivos y Mancilla tuvo una oportunidad dentro del área a los 38, pero su disparo se fue desviado.
El inicio del segundo tiempo siguió la misma tónica y el premio a los Tigres vino a los 51, cuando Jorge Torres Nilo mandó un centro por izquierda para Mancilla, quien aprovechó una salida precipitada de Becerra y con un remate de cabeza puso al frente a los Tigres.
A los 57, Mancilla pudo marcar su segundo gol con otro remate de cabeza que Becerra desvió con la mano izquierda y la pelota se estrelló en el poste.
El gol que le dio la tranquilidad a los felinos vino a los 63, cuando Danilinho entró al área por banda derecha y sacó un disparo potente que Becerra tocó? pero no pudo desviar.
Sobre el final del partido, Tigres tuvo más oportunidades claras de gol, incluyendo un tiro de Alan Pulido, quien de frente al arco mandó su tiro por fuera.
Pulido se sacó la espina cuando Danilinho le dio un buen pase lateral dentro del área y barriéndose metió el tercer tanto de la noche.