El delantero de Bayern sufrió un desgarro muscular en los abductores y deberá quedar apartado del juego por lo menos seis semanas, indicaron fuentes del club.
"Lo más probable es que no podamos disponer de él lo que queda de temporada", lamentó el presidente del Bayern, Karl-Heinz Rummenige.
Kroos, de 23 años, se lesionó tras unos quince minutos de juego en el partido de cuartos de final contra Juventus, en que los bávaros se impusieron por 2-0.