Tobias Figueiredo, a los 21 minutos, y Paciencia, a los 36, marcaron los goles lusos, mientras que Alberth Elis, en la primera acción del compromiso al minuto 1, había abierto la cuenta para la 'Bicolor'.
Argentina y Argelia cerrarán la jornada en el mismo escenario.
La 'H', que se estrenó con una valiosa victoria 3-2 ante Argelia, abrió temprano el marcador en la primera jugada del partido, cuando rápidamente pisaba predios lusos.
Un centro de Quioto al área grande tomó bien ubicado a Elis, que de fuerte remate batió a Bruno Varela con un zapatazo que se coló en el ángulo izquierdo.
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Portugal no demoró en responder y comenzó a cercarse con remates de media distancia de Bruno Fernandes y con la seguridad de un manejo inteligente de la pelota, como lo hizo ante Argentina.
Así se fue acercando al arco centroamericano hasta que encontró el empate a los 21 con Figueiredo de golpe de cabeza, cuando el defensor del Sporting de su país había ido a buscar el juego aéreo en un tiro de esquina.
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Honduras sintió el impacto y Portugal estuvo cerca de ampliar diferencias con un Bruno Fernandes, que tomó la manija del equipo para demoler a la 'H' con un fútbol rápido, de pocos toques, el mismo libreto que funcionó ante la albiceleste en el estreno.
Paciencia, haciendo gala a su apellido, marcó el 2-1 a los 36 con un derechazo que se fue pegado al vertical izquierdo culminando una linda maniobra colectiva.
Honduras pudo llegar al empate dos minutos después con un cabezazo de Quioto que se fue ligeramente desviado y un remate de Allans Vargas de media distancia.
Para la segunda mitad ambos combinados se alternaron la posesión de la pelota y recurrieron a los remates de media distancia para quebrar las líneas, aunque Portugal ejerció un mejor dominio del medio campo gracias a la conducción de Bruno Fernandes.
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Por momentos la bicolor abusó de la pierna fuerte para poner paños fríos al control de los lusos, que movían con propiedad la pelota y le hacen difícil a los hombres de Jorge Luis Pinto poder quedársela.
Honduras estuvo cerca del 2-2 a los 86 con un remate de cabeza de Lozano que rozó el horizontal y dos minutos después Vargas sacó un derechazo fuera del área que se perdió por el vertical derecho.
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Las acciones en el grupo concluirán el próximo miércoles, cuando la 'H' se mida con la albiceleste, en Brasilia, y los lusos choquen con los argelinos, en Belo Horizonte.