El militar es acusado de tener responsabilidad en las ejecuciones extrajudiciales conocidas como falsos positivos ocurridas cuando estuvo al frente del Ejército.
Mario Montoya Uribe fue comandante del Ejército Nacional entre 2006 y 2008, donde se convirtió en uno de los hombres más fuertes de la política de seguridad democrática del expresidente Álvaro Uribe Vélez.
Sin embargo, su nombre empezó a salir salpicado tras el escándalo de los falsos positivos de Soacha, lo que significó el fin de su carrera.
En la justicia ordinaria, la Fiscalía delegada ante la Corte Suprema de Justicia adelantaba dos procesos en su contra: una indagación preliminar por la operación Orión y otra por los falsos positivos de Soacha, pero con su sometimiento a la JEP, todo quedó en manos de la sala de definición de situaciones jurídicas de ese tribunal.
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Su abogado defensor en diversas oportunidades ha manifestado que el general en retiro no aceptará responsabilidad por estos hechos.
Tras varios reportes judiciales en el que se cruzan bases de datos, reportes operacionales entre otros, durante la comandancia de Montoya se reportaron 6.699 muertes en combate de los cuales 2.429 casos podrían ser ejecuciones extrajudiciales.
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