Cinco personas más resultaron heridas por las llamas, en un edificio de tres plantas. Sus causas aún se desconocen.
Los servicios de rescate fueron alertados poco antes de la medianoche hora local del siniestro en la localidad de Sapporo, en la isla de Hokkaido, indicó un portavoz de la Policía.
Las imágenes de televisión mostraron la edificación en llamas, con decenas de Bomberos movilizados en medio de la nieve.
Las víctimas, ocho hombres y tres mujeres, figuraban entre los 16 ocupantes de un centro de acogida gestionado por una organización local.
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Otros cinco residentes resultaron con heridas leves.
Actualmente hay una investigación en curso para determinar las causas del incendio, indicó la misma fuente policial.
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El incendio se produjo en un albergue tradicional japonés construido hace 50 años que fue reconvertido en una residencia para ancianos sin recursos, dijo la cadena pública NHK.
Según los medios locales, la residencia no contaba con personal de noche.
"Como en el lugar había muchos depósitos de petróleo, escuchamos varias miniexplosiones", contó a Jiji Press una vecina de 67 años.