El pánico se apoderó de fieles congregados en el exterior del templo, que intentaron en vano llegar hacia sus familiares que permanecían en el interior.
"Tenemos 20 muertos y más de 50 heridos", dijo un responsable del ministerio de Salud, Mohamed Ismail Kawoosi.
El ataque, que duró varias horas y concluyó al final de la tarde, fue reivindicado por el EI a través de su órgano de propaganda Amaq.
"Dos 'inghimasi' del Estado Islámico llevan a cabo un ataque contra una husseiniya [lugar de culto chiita] en el sector de Jair Jana, en la ciudad de afgana de Kabul", afirmó Amaq, empleando el término 'inghimasi' para aquellos que, además de armas, utilizan un cinturón explosivo, que accionan como último recurso, al combatir.
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"El ataque ha terminado y el lugar ha sido limpiado por la policía", declaró, por su parte, un portavoz del ministerio del Interior, Najib Danish. Según él, los asaltantes, que eran tres, fueron abatidos.
También murieron un policía y un miembro de las fuerzas especiales, añadió. Todavía se ignoraba cuántas personas estaban en la mezquita en el momento del ataque.
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El pánico se apoderó de fieles congregados en el exterior del templo, que intentaron en vano llegar hacia sus familiares que permanecían en el interior.
"Nuestros familiares están atrapados en el interior de la mezquita. Los llamamos y no responden (...) Pensamos que han sido tomados como rehenes por los asaltantes, estamos muy preocupados", dijo uno de ellos durante el ataque.
"Un asaltante se hizo estallar y otros tres lograron entrar en la mezquita. Los combatientes carecen de municiones y usan sus cuchillos para atacar a los fieles", afirmó otro testigo a la AFP.
Más de una decena de ambulancias acudieron al lugar, mientras numerosas fuerzas de seguridad se desplegaron en torno a la mezquita.
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Situación degradada en Kabul -
Este ataque se produce pocos días después de la decisión del presidente de Estados Unidos Donald Trump, de reforzar la presencia militar estadounidense en Afganistán , en lugar de apostar por una retirada, tal y como dio a entender durante su campaña electoral.
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Esa decisión fue celebrada como "histórica" por el gobierno de Kabul mientras que los talibanes prometieron seguir con la yihad "mientras quede un solo soldado estadounidense en nuestro territorio y siga imponiendo su guerra".
Trump estimó que sacar a sus militares provocaría "un vacío" que los "terroristas" de Al Qaida y del Estado Islámico aprovecharían.
Sobre el terreno, Trump dio luz verde a desplegar otros 3.900 soldados, que se unirán a los 8.400 que ya están en Afganistán como parte de una fuerza internacional compuesta por 13.500 tropas.
Entretanto, la situación se ha degradado en los últimos meses en Kabul, donde el último gran atentado se produjo el 24 de julio, cuando la explosión de un coche bomba causó 27 muertos y 40 heridos en un barrio de la comunidad chiita. Este ataque fue reivindicado por los talibanes.
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La comunidad chiita, frecuentemente objetivo de estos atentados, acusa a las fuerzas de seguridad de no saber protegerla. Los yihadistas del EI reivindicaron a principios de agosto otro ataque en plena oración contra una mezquita chiita de Herat, que dejó 33 muertos.