Hecho el conteo del 91% de los votos, Duque obtuvo 3,7 millones de votos, mientras que Petro superó los 2,6 millones.
Duque y Petro lideran la intención de voto para las presidenciales de mayo, en las que se elegirá al sucesor de Juan Manuel Santos.
El exalcalde de Medellín Sergio Fajardo, que lidera una coalición de centro y centro-izquierda, aparece en la tercera casilla de las encuestas.
Duque, un abogado de 41 años, es el ahijado político del expresidente Uribe, uno de los hombres más populares del país, y una de sus principales banderas es su oposición al acuerdo de paz que el año pasado desarmó y transformó en partido a las poderosas FARC.
El senador considera que el pacto que conllevó a la dejación de armas de 7.000 combatientes es demasiado indulgente con la otrora guerrilla comunista.
Aunque ha dicho que modificaría algunos apartados de lo negociado durante cuatro años en Cuba, difícilmente podrá reformar lo sustancial del pacto de paz pero su eventual presidencia genera incertidumbre en los rebeldes por proyectos pendientes de implementación.
Entre ellos el sistema de justicia pactado para atender a las millones de víctimas de medio siglo de conflicto armado, así como reformas rurales y políticas.
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Petro, en tanto, es el representante de Colombia Humana y el Movimiento Alternativo Indígena y Social (MAIS). De 57 años, este economista fue guerrillero del desaparecido Movimiento 19 de abril (M-19).
Aunque es reconocido por las contundentes denuncias que hizo como senador por los vínculos entre paramilitares de ultraderecha con políticos, su imagen genera rechazo en amplios sectores por sus vínculos con el fallecido expresidente venezolano Hugo Chávez.
Petro es el primer candidato de izquierda con posibilidades reales de poder, aunque en caso de ganar enfrentará, según los resultados preliminares, una fuerte bancada de la derecha dura en el Congreso.
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Los colombianos, que este domingo votaron en las legislativas, elegirán presidente el 27 de mayo. En caso de que ningún aspirante supere el 50% de las votaciones, se realizará una segunda vuelta en junio.
Updated: marzo 11, 2018 07:01 p. m.