Allí se cometieron abusos sexuales y torturas. Damnificados recibirán hasta US$11.200 cada uno. El país europeo busca aliviar así una herida histórica.
El monto total de las indemnizaciones será de unos 3,5 millones de euros (3,9 millones de dólares) de aquí a 2024.
Unos 240 exmiembros de esta secta viven aún, 80 de ellos en Alemania, según la comisión.
Colonia Dignidad fue fundada en 1961 por el excabo nazi Paul Schäfer. El lugar era presentado como una idílica localidad familiar.
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En realidad, Schäfer reinó de forma brutal sobre esta comunidad alemana de algunos centenares de personas, sometiéndolas a la esclavitud o infligiendo abusos sexuales a los niños.
Tras la fuga de Schäfer en 1997, los chilenos descubrieron que el enclave alemán había sido también un infierno para los opositores a la dictadura de Augusto Pinochet (1973-1990), pues muchos de ellos fueron ahí torturados o desaparecieron.
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Detenido en 2005 en Argentina, Paul Schäfer murió en prisión en 2010. Y Colonia Dignidad fue transformada en un centro turístico y agrícola, con el nombre de Villa Baviera.
Una diputada ecologista alemana, Renata Kuenast, que abogó durante años por las víctimas, calificó las indemnizaciones de "simbólicas" aunque "aceptables".
Para el Centro europeo para los derechos humanos y constitucionales, el ministerio de Relaciones Exteriores alemán "evita su responsabilidad legal a la hora de compensar a las víctimas".
"Muchas víctimas chilenas han quedado fuera" del programa de indemnizaciones, aseguró.
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Un comité oficial alemán indicó en su informe el viernes que Schaefer "desgarró a familias enteras, abusó de innumerables niños y colaboró activamente con los secuaces de la dictadura de Pinochet para torturar, asesinar y desaparecer".
"Los supervivientes aún sufren masivamente las severas consecuencias psicológicas y físicas del daño causado por la violencia, el abuso, la explotación y la esclavitud laboral".
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Sin embargo, no se puede derivar "una responsabilidad legal de la República Federal alemana" de los actos que cometió ese exnazi en Chile.
Esas indemnizaciones son consecuencia "exclusivamente de una responsabilidad moral, sin que se pueda inferir una obligación legal", añadió.
El presidente alemán Frank-Walter Steinmeier reconoció en 2016, cuando era canciller, que "durante años... los diplomáticos alemanes se limitaron, en el mejor de los casos, a mirar hacia otro lado -y claramente no hicieron lo suficiente para proteger a sus compatriotas en esa colonia".
La escala de atrocidades cometidas en esa comunidad celosamente aislada a unos 350 km al sur de Santiago salió a la luz solamente tras el fin del régimen de Pinochet.
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La mano derecha del fundador de la colonia, Hopp, que dirigía la clínica, fue condenado en Chile por complicidad en los crímenes sexuales, pero huyó a Alemania en 2011, antes de que pudiera aplicarse la condena.
Un tribunal alemán ratificó la condena. No obstante, una corte superior, así como la fiscalía, decidieron posteriormente que las pruebas aportadas por el tribunal chileno no cumplían con los requisitos de la justicia alemana.
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