Tras un tiroteo, los agentes entraron en el templo de Al Fateh, en el barrio cairota de Ramsés, y detuvieron a los seguidores del depuesto presidente egipcio Mohamed Mursi que quedaban en su interior, dijo una fuente de los servicios de seguridad.
Según esta fuente, efectivos del Ejército y la Policía recibieron disparos desde el minarete del templo.
Las fuerzas gubernamentales impidieron que los detenidos fueran linchados por la multitud de opositores a Mursi que esperaban a los islamistas fuera de la mezquita.
Por su parte, los Hermanos Musulmanes, grupo al que perteneció Mursi hasta que accedió a la Presidencia, confirmaron la irrupción de los efectivos del orden en la mezquita, donde subrayaron que había "manifestantes pacíficos".
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La Hermandad aseguró en su página web que las fuerzas especiales entraron por el minarete con la ayuda de helicópteros castrenses.
Los islamistas acusaron a los efectivos del orden de ser los responsables de los disparos "para hacer creer que había un tiroteo".
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El Gobierno egipcio anunció que al menos 173 personas han muerto y 1.330 han resultado heridas en los disturbios del viernes hasta primera hora de este sábado en todo el país.
Según las autoridades, desde la irrupción en las acampadas islamistas del pasado miércoles han muerto más de 800 personas, aunque, según los Hermanos Musulmanes, las víctimas se cuentan por miles, de las cuales 200 habrían muerto en las últimas 24 horas.
En El Cairo, los choques más graves entre partidarios y opositores de Mursi se produjeron en los alrededores de la mezquita de Al Fateh, donde ayer se concentraron miles de islamistas.